Ese problema occurre porque al inicio un tamaño maximo es definido para evitar fallos de la interfaz de CopyTrans Manager. Para aumentar el tamaño, ir a Ajustes -> Ajustes avanzados y buscar player.iphone_file.max_size. Cambiar a un valor que corresponde al tamaño deseado y volver a iniciar CopyTrans Manager (el tamaño es en megabytes).